Soutenance - Flore CAUDAL

Soutenance de thèse - Flore CAUDALFlore Caudal, en vue de l’obtention du grade de Docteur en Sciences de la Mer et du Littoral, spécialité « BIOTECHNOLOGIES », présentera ses travaux intitulés : « Produits naturels marins comme source d’antibiofilms bactériens : approches physiologiques et moléculaires » le 17 octobre à Lorient.

Date 17/10

Résumé

Produits naturels marins comme source d’antibiofilms bactériens : approches physiologiques et moléculaires.

Les bactéries pathogènes et leurs biofilms sont impliqués dans de nombreuses maladies et constituent un problème de santé publique majeur, avec notamment le développement de l’antibiorésistance. La recherche de nouvelles molécules et de solutions innovantes pour lutter contre ces biofilms est donc un enjeu capital des années à venir. L’objectif principal de cette thèse a été d’identifier des extraits de spongiaires isolés à Wallis ou des surnageants de culture de Pseudoalteromonas, présentant des activités antibiofilms non bactéricides sur des pathogènes humains et/ou marins.

Dans un premier temps, un criblage d’activités antibiofilms d’extraits de spongiaires et de surnageants de culture de Pseudoalteromonas a été réalisé sur trois souches pathogènes marines ou humaines. Les extraits et surnageants présentant les activités les plus intéressantes ont ensuite été étudiés pour leurs effets sur l’adhésion bactérienne ou la formation de biofilm en conditions dynamiques dans des chambres à flux.

La composition métabolique des extraits et surnageants d’intérêt a ensuite été étudiée grâce aux réseaux moléculaires. Un fractionnement bioguidé a permis par la suite l’isolement de 3 composés actifs à l’aide de techniques de chromatographie flash et préparative.

Enfin, dans le but de mieux comprendre les mécanismes d’actions du surnageant de culture de la souche PVV3, une approche transcriptomique par séquençage des ARNm, permettant d’avoir une vision globale des effets a été entamée. 

Mots clés : Biofilm, Spongiaires, Pseudoalteromonas, Antibiofilm, Produits naturels marins

Abstract

Marine natural products as a source of bacterial antibiofilms: physiological and molecular approaches.

Pathogenic bacteria and their biofilms are involved in many diseases and represent a major public health problem, particularly with the development of antibiotic resistance. The search for new molecules and innovative solutions to combat these biofilms is therefore a major challenge for the coming years. The main objective of this work was to identify extracts of sponges isolated in Wallis or culture supernatants of Pseudoalteromonas with non-bactericidal antibiofilm activities on human and/or marine pathogens.

First, the antibiofilm activities of sponge extracts and Pseudoalteromonas culture supernatants were screened against three marine or human pathogenic strains. The extracts and supernatants with the most interesting activities were then tested for their effects on bacterial adhesion or biofilm formation under dynamic conditions in flow chambers.

The metabolic compositions of the extracts and supernatants of interest were then studied using molecular networks. This was followed by bioguided fractionation to isolate active compounds using flash and preparative chromatography techniques.

Finally, to better understand the mechanisms of action of a culture supernatant, a transcriptomic approach using mRNA sequencing was initiated, providing a global view of the effects. 

Keywords: Biofilm, Sponges, Pseudoalteromonas, Antibiofilm, Marine natural products

Membres du jury

• Pr Sylvie CHEVALIER-LAURENCY, rapporteure, Professeure des Universités, Université de Rouen Normandie, CBSA
• Pr Nathalie TAPISSIER-BONTEMPS, rapporteure, Professeure des Universités, Université de Perpignan, CRIOBE
• Pr Alexis BAZIRE, directeur de thèse, Professeur des Universités, Université Bretagne Sud, LBCM CNRS EMR6076
• Pr Gwénaëlle LE BLAY, co-directrice de thèse, Professeure des Universités, Université de Bretagne Occidentale, IUEM, LEMAR CNRS UMR 6539
• Dr Sylvain PETEK, encadrant de thèse, Chargé de Recherche, Université de Bretagne Occidentale, IUEM, IRD
• Dr Sophie RODRIGUES, encadrante de thèse, Maître de Conférences, Université Bretagne Sud, LBCM CNRS EMR 6076
• Pr Ali AL-MOURABIT, membre du jury, Directeur de Recherche CNRS, Université Paris Saclay, ICSN
• Dr Ali TAHRIOUI, membre du jury, Maître de Conférences, Université de Rouen Normandie, CBSA

Membre du jury invité

• Dr Sébastien ARTIGAUD, Ingénieur de Recherche, Université de Bretagne Occidentale, IUEM, LEMAR CNRS UMR 6539

Les travaux sont dirigés par Alexis Bazire.

École doctorale Sciences de la Mer et du Littoral - ED SML N°598.

Informations pratiques

Jeudi 17 octobre à 14h

Amphithéâtre Sciences 2

Faculté Sciences & Sciences de l'Ingénieur

Lorient

Crédit photographique : ©Université Bretagne Sud. Service Communication